以前我国物流行业一直利润低，成本高、开票难，税负大的状态。物流想要在未来实现规模化运营，重点是要解决物流行业现状的税务问题。从目前来看，物流企业存在几种税务风险，是值得物流企业个个体经营户需要注意的。
1.混乱物流服务类别：在《营业税改征增值税试点实施办法》中明确规定交通运输服务和物流辅助服务税率是不一样的，有些物流企业利用这一点，将交通运输申报为物流辅助服务，可以用来少缴纳增值税，造成企业的税负偏低，甚至长期抵税，这种不合规行为对于物流企业来说税务风险很大。还有一些物流企业的客户货物比较松散，对于发票问题不会太计较，物流企业运输后为其开具发票，发票内容与现实运营工作不符，也给物流企业造成虚开发票的风险。
2.收入差距核算不准确：有些个别物流企业将收取的快递费、运费在内全部或大部分，作为申报纳税的票据，造成税务风险。进项税的不合理划分，致使物流行业存在多抵税额风险，
3.与第三方进行无票销售服务：物流企业有时存在简易计税，导致部分物流企业难以获得增值税票，造成抵税难的问题，对于这些税务不足，有些企业投机取巧与加盟商合作后，结算时实行账外无票据结算，隐瞒销售服务，造成物流行业税务核算风
